位于市区中心百源川池南畔，系清嘉庆年间 (1796-1820 年 )，由南安翔云云峰族长钟罗为首向徐氏人家购买，后交由卓家掌管。原占地面积 1171 多平方米，坐南向北，面向清源山，建成“三厅献四落、西畔四落护厝一连十二间、一大埕、一护亭两雀翼”（二进三开间、砖木结构）的古汉式大厝，原为卓氏培养子弟成才，赴省、京试歇憇求学之书院，嗣后泉州地区卓氏宗亲踊跃参与，而改作“卓氏宗祠”。厅正中悬挂仙人吕纯阳（洞宾）题“流清翠屏”字匾，一直作为卓氏宗祠的珍贵文物保留了下来。1982 年始，海内外卓氏宗亲聚议重建宗祠。二十世纪 90 年代，泉州旧城区改造，旧祠堂遇拆，海内外卓氏宗亲在卓清、建忠、绪靖等人共同努力下重建卓氏宗祠，并改旧闽南皇宫起大厝式建筑为新古式四层楼宇建筑，座向依旧坐南朝北，更显气势恢宏。宗祠一楼店面两间 99.78 平方米，二、三层房产各 123.45 平方米，为休闲活动场所；四层（顶层）为谒祖诚心祀厅，仿古风格，建筑面积247.11平方米（其中超出补偿面积62.6平方米由新加坡南洋卓氏公会出资购买）；祀厅设有三个神龛，正中央设主龛祀奉卓氏历代先祖神主牌位，左侧神龛祀奉土地公及清水祖师，右侧神龛祀奉“八仙”中的吕洞宾。在祠堂祀厅神龛上，仍挂有珍贵的“流清翠屏”和“留衣海青亭”等匾额史迹。宗祠整体庄严肃穆，内部装饰金碧辉煌。泉州市人民政府原副市长、泉州市书法家协会主席周焜民先生为宗祠题写“翠屏流清”，再现堂外秀丽景色，百源川池水“流清”，柳岸古榕似“翠屏”。故百源川池又称“百源清池”。1996 年，泉州百源卓氏宗祠举行重建落成暨“泉州百源褒德福利协会”成立庆典盛会。2010 年，宗祠由海内外卓氏宗亲筹集资金重修，至此，宗祠已具规模，祀厅宽敞明亮，装饰华丽，怡人清爽，向外近瞰百源川池景色、远眺清源山胜景；宗祠成为泉州海内外宗亲祭奠先祖、敦宗睦族、联谊交流的场所，每年喜迎海内外卓氏宗亲回泉寻根谒拜。