原为凤翼祠，位于泉州市区南俊北路 ( 原县后街萧厝园内 )，因承萧氏入福建长乐、泉州旧祠堂始建早于明洪武二十六年 (1393 年 ) ，清光绪戊寅（1878 年）冬重修，壬午初秋祠宇告竣，福建萧氏各支派均进主于该祠堂。新中国成立后，宫庙祠堂被收归国有，50 年代被拆除改建为房地产公房；2009 年南俊路北拓，祠堂用地被挂牌拍卖。该祠下目前有萧氏裔孙近几十万人之多，分布于闽、粤、浙、台、海外等地。为了让海内外萧氏宗亲有个寻根谒祖的场所，2011 年经泉州市人民政府第一次用地联席会议研究同意闽台萧氏大宗祠自择址重建：后由两岸宗亲联合报告市政府有关部门，新址选在丰泽区新前社区，两岸萧氏宗亲共同兴建闽台萧氏大宗祠，以方便台湾及海外萧氏宗亲寻根谒祖，加强促进闽台文化交流，促进经济共同发展，增进两岸百姓福祉。2013 年5月，台湾和福建萧氏宗亲 500 余人出席闽台萧氏大宗祠奠基仪式。