七七事变后不到两个月时间，战火就烧到福建沿海，日本的飞机、军舰、大炮开始侵袭厦门，陈嘉庚先生创办的集美学校生存发展面临严峻前景。9月5日、6日，学校校董连续两日紧急致函请示陈嘉庚：“生少而抗战长期应移安溪”。陈嘉庚随即电报回复：“函悉，移安溪可主张”。就这样，安溪成为集美学校内迁的落脚点。

　　同年10月13日，集美师范及中学开始迁往安溪文庙。这是首批搬迁的师生，因汽车有限，多数师生只能步行。集美到安溪的路途有130多里，师生背着行李步行需走一天才能到达，许多人脚上磨出了血泡。

　　为了安置全校的学生和教师员工，除借用安溪文庙外，学校还借用了安溪中学、中心小学的部分校舍，并于10月20日正式开始上课。随后，商业、农林、水产航海三校也先后迁入安溪后垵乡、同美乡、官桥乡的后垵小学、同美小学、曾郁小学等地。

　　在各项经费十分困难的情况下，学校内部还组建了许多抗日组织，他们节衣缩食，不遗余力地开展、参与各项抗日救亡活动，通过演讲队、歌咏队、演剧队，刊物、漫画，开办战时民众夜校等方式，将抗战救国的呼声传遍校园内外。

　　在《血花日报》《抗敌呼声》等师生自办报刊的影响下，一大批学生投笔从戎、奔赴战场，为抗战贡献力量。同时，集美学校内迁安溪也极大推进了安溪文化教育事业的发展，师生们尽己所能为安溪的乡亲们帮工、扶贫，作出了回报。

　　到1939年，因沿海局势日渐紧张，且各校学生增加许多，安溪校舍已容纳不下，部分学科先后迁往大田、南安诗山等地。

　　1940年10月25日，陈嘉庚率南洋华侨回国慰劳视察团到访延安后，来到安溪视察，当晚，安溪祥云渡热闹非凡，集美学校安溪全体师生及安溪各界代表都在此集中欢迎陈嘉庚先生。26日上午，陈嘉庚到中学视察，随后赴安溪县各界欢迎会演说两个小时，晚上出席欢迎公宴，27日早，出席在文庙校舍大埕举行的欢迎校主大会，陈嘉庚在会上报告了回国访问的观感，分析了抗战的形势，指出：“抗战胜利属于我，这是一万分之一万的肯定”，勉励师生要把救国的责任扛在自己肩上。

　　抗战胜利后，学校师生逐渐由安溪迁回集美，大部分校具器物也随同搬回，诸如集美学校长坑分校则由当地人士接办为崇德初中。8年又3个月的内迁岁月，集美学校“有如隆冬草木，在严霜沃雪中，全其生机”，培养出大批安溪籍的知名人士，有曾星如、施金城、廖祖烈、傅圭璧、李少菁、陈福接、李尚大、李陆大、李景昀等等。

　　在抗日烽火中，集美学校“收栋梁，拾榱桷，储群材以为国用，道济天下，匪异人任”， 师生们抱定抗战必胜之信念，克服重重困难，谱写了一曲为国育才的动人乐章。