惠安崇武港历史上一直是闽南沿海重要港口，与台湾省仅一水之遥，离台湾省中部港口最短距离仅98海里。1979年，国务院公布崇武为对台（湾）轮船接待港口。之后，崇武港创下了第一艘台轮靠岸、第一宗对台小额贸易、第一宗对台渔工劳务合作业务等多项“全国第一”的纪录。

历史上的崇武港设施非常简陋。1956年开始在港内建设1座土石结构的简易码头。1964年对码头加宽加高后，仅可同时停泊2艘50～100吨位的木帆船。1984年后，从中央到地方各级政府对泉州港的建设都十分重视。根据交通部安排，“七五”计划期间（1986—1990年）泉州市建设4个港口码头，其中就有惠安崇武港新建1000吨级杂货泊位1个。1986年初，市委、市政府把优先发展港口建设工作排在靠前位置，成立建港指挥部，由副市长任指挥，各有关部门通力协作。1986年8月，省计委正式批准崇武港千吨级码头工程的计划任务书，初步设计方案于9月10日在福州通过省级审定。

崇武千吨级码头是交通部和省计委决定建造的福建省对台贸易码头，由惠安县计委和县交通局委托海军工程设计研究局设计，码头水工部分和驳岸、堆场由交通部三航局六公司承建，惠安县第三建筑公司分包土建和水电工程。码头工程总面积23962.96平方米，内外侧有1000吨和500吨2个泊位，设计年吞吐能力12万吨。

工程于1987年1月开工。由于崇武港风浪大的特殊条件限制，建港十分不易，交通部三航局六公司在施工中采用了当时先进的“扭王字块”工艺，成功地抗拒了风浪。1989年11月，工程由省交通厅验收并交付使用，工程质量优良。

崇武码头建成后，作为全国第一座对台贸易专用码头，迅速成为两岸交流联系的主要桥梁之一。自1990年起，每年到崇武港的台湾船只都在500艘次以上，最多的年份达近千艘次。