1959年6月，中央华侨事务委员会（简称“中侨委”）副主任方方赴泉州视察，谈及拟新建华侨大学。随后，晋江地委召开相关会议，提出要努力争取华侨大学在泉州创办，并成立华侨大学筹备组。

1960年1月20日，为适应华侨青年回国升学的需要，中侨委在给国务院外事办公室并国务院《关于1960年接待安置归侨》的报告中，提出新建一所华侨大学的意见。1月31日，周恩来总理作出批示，同意这一意见，并在国家财政极其困难的情况下，同意专门拨出1000万元用于华侨大学的建设。

得到国务院批准后，华侨大学的筹建工作进入论证阶段。首先碰到的问题就是学校的选址。这一问题一开始争论比较大，有选址北京、广州、福州、厦门、泉州等几种方案。中侨委主任廖承志多次召开会议，就这一问题展开讨论。经过反复比较研究，最后决定选址泉州。在这一过程中，晋江地委和专署积极响应中侨委的决定。1960年2月10日，地委根据国务院《关于接待和安置归国华侨的指示》精神，形成《关于创办泉州华侨大学计划（草案）》（简称《计划（草案）》）。地委在《计划（草案）》中提出，泉州是颇负盛名的侨乡，历史上是闽南的经济、文化中心之一，在泉州创办华侨大学，对安置广大归国华侨青年和国内知识青年进入高等学校读书，为继续侨居在海外的华侨培养师资、传播祖国经济文化和科学技术，为加速泉州地区社会主义经济文化建设，将起到巨大的作用，对海外侨胞也有巨大的影响和贡献。《计划（草案）》还就华侨大学的性质任务、办校方针、专业设置和事业发展计划、师资和行政干部、教育设备、基本建设等提出了较为详尽的计划。地委将《计划（草案）》呈报给省委和中侨委。

3月，中侨委副主任方方专程来福建，向省委书记处书记林一心和晋江地委有关领导通报中央决定在泉州创办华侨大学及中侨委关于创办华侨大学的基本设想。3月中旬，地委又派泉州师范专科学校校长陈金源和省第五建筑公司的工程师到北京，向中侨委汇报工作并与中侨委有关同志就《计划（草案）》及有关问题进行了认真地讨论，初步形成《创办华侨大学方案（草案）》。

4月12日，中侨委三届一次全体委员会议和全国侨联在京常委第十四次会议，就《创办华侨大学方案（草案）》进行热烈讨论，一致同意在泉州创办华侨大学。5月，中侨委副主任方方、庄明理等来泉州实地踏勘校址，经过反复比较和多方协调，最后确定华侨大学建于泉州市城东五里亭。

校址选定后，中侨委提出创办华侨大学采取边筹建、边办学的方针。中侨委于9月拨出专款，作为首期基建款。福建省委将华侨大学的建设列为福建省基本建设重点项目。晋江地委从各县（市）抽调2000多名劳力参加华侨大学建设。1961年3月，华侨大学筹建委员会成立，全国侨联副主席庄希泉任筹建委员会主任，省委副书记林修德、中侨委副主任庄明理、地委书记张桂如任副主任。

1960年9月，华侨大学开始招生开学，招收新生85名，借用福州师范学院的校舍开办中文系汉语言文学专业，同时招收预科生196名，借用厦门集美归国华侨中等补习学校的校舍上课。

1961年10月，华侨大学两幢教学楼基本竣工。11月1日，华侨大学由国务院正式批准设立，为国家创办于泉州的唯一一所部属高等院校，实行中侨委、教育部、省人委三重领导，且以中侨委为主的领导体制。中侨委主任廖承志兼任首任校长，省委书记处书记林一心兼任党委书记。1962年秋，华侨大学部分校舍竣工，原在校外借学的师生开始迁入学校上课。1963年，华侨大学校舍建筑大体完成，除设在北京的艺术系和把热带作物系高年级迁往海南岛办学外，其他各科系均在本校开设。从1963年至1965年，随着国民经济调整的深入和经济形势的好转，华侨大学有较大发展。至1965年底，华侨大学共设有医学、亚热带作物、艺术、政治、外语、土木建筑工程、化学工程、数理等8个系14个专业，在校生达到2395人，其中华侨学生占比96%。

华侨大学是根据当时历史条件的需要，在国家经济极端困难情况下建设起来的，整个创办过程得到周恩来总理的大力支持。华侨大学的建成，不仅解决当时归国侨生的学习问题，而且对此后泉州经济社会文化的发展繁荣产生了重大影响。