1949年8月24日，福建省人民政府在福州宣告成立。9月，省人民政府将全省划为8个行政督察专员公署，作为省政府的派出机构。同月9日，第五专署及其工作机构在泉州城区成立。

1950年3月14日，依照省政府训令，为便于区分行政区域，第五专署改称福建省泉州行政督察专员公署（简称“泉州专署”）。9月，根据省政府关于统一专署、区、乡政府名称的通令，泉州专署更名为福建省晋江区专员公署（简称“晋江区专署”）。第五专署成立时，设置秘书室、民政科、教育科、财粮科、工商科、建设科、司法科和公安局等8个工作机构，同时，接管和改造旧政权工作机构25个。随着经济建设和文教、卫生各项事业的发展，专署的工作机构相应增加和调整，逐步完善。至1952年，下设秘书处、民政科、财政科、粮食局、编委会、督察处等18个工作机构。

专署成立后，积极发动和组织群众，尽快恢复与安定社会秩序，并先后开展和完成减租、减息、支前、剿匪、反霸、镇反、抗美援朝、土地改革和恢复国民经济的工作。同时，大量培养、吸收新干部，不断扩大干部队伍，确保新生的人民政府有效运转。

1949年10月上旬，解放军福建军区第五军分区在泉州城区正式组建，司令员叶克守、政委张慧如。军分区机关设司令部、政治部、供给处、卫生处。第五军分区隶属于福建军区，既是地委的军事工作部门，又是专署人民武装的领导指挥机关。军分区组建后，即刻与所属各县游击队建立领导关系，进行初步整编，组织所属部队及民兵配合主力部队执行镇压反革命和清剿土匪的作战任务并实施地方军管。至1950年12月，第五军分区先后组建晋江、南安、惠安、同安、安溪、永春、莆田、仙游、德化等9个县的县大队。同时在各县成立了人武部的领导机构。1951年3月，根据华东军区命令，福建军区第五军分区改称为中国人民解放军福建晋江军分区（简称“晋江军分区”）。军分区和人武部的设立为新政权的接管和管理提供了有力的军事保障，特别是为中华人民共和国成立初期的剿匪、支前、镇压反革命等革命斗争的胜利作出了重大贡献。

从1949年9月至1951年1月，全区所辖十县一市的党政机构陆续建立。1950年6月，国民党统治时期建立的保甲制度宣布废除，新的乡镇（街）基层政权建立。截至1951年12月，全区共建立乡级人民政府1869个。

新生人民政权的建立和巩固，打垮了国民党反动政权的政治基础，党的政策、政府的法令得到贯彻执行，为恢复和发展经济、稳定全区社会秩序奠定了坚实的基础。