全面抗战初期，中共泉州地方组织面临着恢复组织、发展党员和利用合法组织形式掀起抗日救亡运动新高潮等严肃的政治任务。随着抗日战争的深入发展，党的抗日民族统一战线政策的影响和党的威信日益扩大，要求入党的革命分子越来越多。泉州党组织按照党中央的指示发展党员、壮大组织。由于地理条件、历史背景和斗争环境特殊，泉州党组织逐步形成分别隶属于中共福建省委和中共闽粤赣边省委（后改为中共闽西南潮梅特委）的两大系统。

  全面抗战开始时，从土地革命战争时期坚持下来独立开辟工作的中共晋南工委、惠安特支、南同边区委等组织，把土地革命战争时期坚持下来分散在各地的党员组织起来，建立党组织，发展党员。1938年6月，根据中共中央长江局、东南分局的决定，中共闽浙赣特委和闽东特委合并成立中共福建省委。8月，福建省委决定撤销闽中工委，分别建立福清、莆田、泉州三个中心县委，直属省委领导。泉州中心县委下辖泉州、晋江、南安、惠安、永春、德化、同安等党的组织。

1938年10月，惠安特支先后成立2个党支部。1939年10月，泉州中心县委在南安涌莲寺成立中共官桥区委，下辖3个党支部。1940年5月，泉州中心县委委员许运伙在晋江主持成立鹦山区委，下辖4个党支部。1941年1月，闽南特委任命许运伙接任泉州中心县委书记。5月，许运伙、侯如海、陈忠烜参加闽南特委干训班学习，6月返回泉州整顿和发展了党组织。7月，闽南特委调林士带为德永特派员，到德化、永春边境开展工作，建立德永特支。1942年1月，闽南特委决定将泉州中心县委改为泉州临时工委。1943年3月，闽中特委决定全面贯彻“荫蔽精干”的方针，把泉州划分成泉州地区和永德大地区。1945年，闽中特委决定恢复泉州中心县委。

与此同时，隶属中共闽粤赣边省委的泉州党组织也开始组织壮大起来。七七事变后，参加上海抗日救国会的林降祥和留学日本的林火枝（林成茂）先后回安溪龙门，与土地革命战争时期隐蔽下来的党员林水芸等秘密活动，恢复农会，组织“抗日救亡剧团”和“半斋读书会”。1938年2月，中共厦门工委调李毅然到安溪龙门开展工作。10月，中共漳州中心县委派陈奇（陈国忠）到龙门，批准建立中共龙门支部。1941年1月，皖南事变之后，闽南特委决定建立“安南同工作基地”。1941年夏，建立目场党支部。1942年9月，闽南特委派罗琳（林东昌）驻龙门主持安南同边区党的工作。受“南委事件”的影响，同年12月在收到中央的指示之后，罗琳决定“保存组织，保存基地”。该决定得到闽南特委和闽粤边委的批准。1944年秋，安南同党组织派张连到暨南大学（抗日战争期间，暨南大学迁址至福建建阳）读书，开展学生运动，在学生中发展党员。1945年春，安南同党组织恢复活动，并发展了一批党员。

全面抗战时期，泉州党组织率领党员、群众在极端艰难的条件下，坚持抗日反顽斗争，不仅保存和发展了党的组织，培养锻炼了一批干部，而且壮大了革命力量，保卫了人民利益，为取得抗日战争的最后胜利作出了贡献。